Po vysvěcení působil jako kaplan na Zbraslavi a jako farář v Čakovicích u Prahy. Když byla uzavřena Karlova Univerzita a řada profesorů - mezi nimi byl i Dr. Beran - zavlečena do nacistických koncentračních táborů, přednášel Dr. Heidler pastorální teologii na pražském církevním učilišti. Po válce doplnil svá studia ve Fribourgu (Švýcarsko). Po znovuotevření Univerzity Karlovy byl povolán za asistenta prof. Berana.
 
Mezitím se stal prof. Dr. Josef Beran pražským arcibiskupem a profesorský sbor teologické fakulty rozhodl, aby mladý teolog Alexander Heidler převzal vedení katedry pastorálky po Dr. Beranovi s plným přednáškovým závazkem.Na podzim roku 1949 mu hrozila komunistická perzekuce. Spolu s početnou skupinou katolických studentů a intelektuálů byl vybrán pro soudní monsterproces stalinského stylu. Zatčení unikl v noci na 22. říjen 1949, kdy přes Šumavu odešel do Bavorska.

Působení v exilu

Z počátku působil Dr. Heidler jako kaplan v bavorském městečku Lenggries. Zároveň byl aktivní mezi exulanty. Od února 1950 byl činný v duchovní práci mezi studenty a intelektuály v uprchlických táborech - Ludwigsburg.

Od 1. května 1951 se stal Dr. Alexander Heidler redaktorem náboženských pořadů rozhlasové stanice Svobodná Evropa. Často zaskočil i v kulturních nebo politických pořadech. Heidlerovy komentáře, vysílané Svobodnou Evropou pod jménem Otec Křišťan, se u posluchačů v Československu těšily velké oblibě. Měly vynikající jazykovou, politickou a intelektuální úroveň. Účastnil se velmi aktivně i práce v čs. katolickém hnutí v exilu. Byl spoluzakladatelem Křesťanské akademie (1950 Prien, Bavorsko). Dlouhá léta vedl jako ředitel českou katolickou misijní službu v Německé spolkové republice. Pro duchovní službu exulantům v západním Německu se snažil získat české kněze. Každý rok organizoval česká duchovní cvičení kněží. Psal do římského měsíčníku "Nový život" (vydává Křesťanská akademie) a do revue "Studie". Příležitostně posílal články a úvahy do exilových časopisů a německy vydal řadu statí o českém katolictví a o postavení církve v Československu, např. ve sborníku "Bohemia Sacra" a v ročenkách "Kirche in Not".